Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια μέρα συμβαίνει ένα περιστατικό με ομήρους κάποιους διπλωμάτες και μετά την επέμβαση ξεκαθαρίζετε ότι οι τρομοκράτες δεν ήταν παρά cyborgs, κάτι που κάνει τεράστια διαφορά μιας και μέχρι τώρα σε κάθε τέτοιο περιστατικό υπάρχουν και άνθρωποι που ελέγχουν την ομάδα. Διάφορα περιστατικά λαμβάνουν χώρα στην συνέχεια, όλα σχετισμένα με cyborgs και με ηλεκτρονικά εμφυτεύματα στους ανθρώπους. Ώρα να βρουν οι Deunan και Briareos τι κρύβετε πίσω από αυτά τα περιστατικά...