Καθώς η Επόμενη Γενιά βρισκόταν στον προτελευταίο χρόνο της, οι παραγωγοί του Σταρ Τρεκ προχώρησαν στη δημιουργία μιας τρίτης σειράς που διαδραματίζεται στον ομώνυμο φανταστικό κόσμο. Ο Διαστημικός Σταθμός Εννιά (Deep Space Nine) παρακολουθεί τις περιπέτειες του πληρώματος ενός σταθμού που βρίσκεται στα όρια της Ομοσπονδίας. Πλοίαρχος ήταν ο Μπέντζαμιν Σίσκο (Benjamin Sisko, τον υποδυόταν ο ηθοποιός Έιβερι Μπρουκς), γιατρός ο Τζούλιαν Μπασίρ (Julian Bashir, Αλεξάντερ Σίντιγκ) ενώ σημαντικούς ρόλους είχαν ο Όντο (Odo, Ρενέ Ομπερζονουά) που είχε την ικανότητα να δίνει στο σώμα του όποια μορφή επιθυμούσε και ο φιλοχρήματος μπάρμαν του σταθμού, ο Φερένγκι Κουάρκ (Quark, Άρμιν Σίμερμαν). Η σειρά δεν γνώρισε την επιτυχία της προκατόχου της, παρόλα αυτά διήρκεσε και αυτή επτά τηλεοπτικές σεζόν. Χαρακτηριζόταν από σκοτεινά χρώματα και τα σενάριά της ήταν λιγότερο αισιόδοξα από εκείνα της Επόμενης Γενιάς.