Η μικρή κουρελιασμένη πάνινη κούκλα με τον αριθμό 9 ζωντανεύει... ανακαλύπτοντας πως βρίσκεται σε έναν κατεστραμμένο κόσμο, όπου όλοι οι άνθρωποι έχουν εξαφανιστεί. Σύντομα ο 9 θα ανακαλύψει τυχαία μια μικρή κοινωνία όμοιών του, που λειτουργεί σαν κρυψώνα από τρομακτικές μηχανές. Ανάμεσά τους ο 1, ένας βετεράνος πολεμιστής, ο 2, ένας γηραιός εφευρέτης, ο 5 ένας εφευρετικός μηχανικός, ο 6 με ιδιαίτερη καλλιτεχνική φλέβα και η 7 μια γενναία αγωνίστρια. Ο 9 θα πείσει τους υπόλοιπους πως η μόνη ελπίδα επιβίωσης είναι να σταματήσουν να κρύβονται και να προσπαθήσουν να ανακαλύψουν τον λόγο για τον οποίο οι μηχανές θέλουν να τους καταστρέψουν.