Οι Αngel πέθαναν, το Τokyo-3 καταστράφηκε, η Asuka τρελάθηκε, και η ψυχολογική κατάσταση του Shinji είναι κάθε άλλο παρά σταθερή μετά το θάνατο του Kaoru. Παρά το γεγονός ότι όλα θα έπρεπε να έχουν τελειώσει με το θάνατο του τελευταίου Αngel, όλα τα μέλη της NERV διατάχτηκαν να βρίσκονται σε συναγερμό. Η SEELE μετά την προδοσία του Gendo Ikari δε σκοπεύουν να κάτσουν φρόνιμα, και μαζί αρχίζουν να ενορχηστρώνουν την Aποκάλυψη! Η NERV δέχεται επίθεση από τη SEELE και η Rei γίνεται ένα με τη Lilith. O Shinji βρίσκεται μπροστά στο δίλημμα να αγωνιστεί για να ζήσει ή να αφεθεί να πεθάνει; H απόφασή του θα κρίνει το μέλλον της ανθρωπότητας...