O Shishio ξεκινά το ταξίδι του με το θωρακισμένο πλοίο του για να καταφέρει να ρίξει την κυβέρνηση του Meiji ώστε να επαναφέρει την Ιαπωνία στο χάος, έχοντας μαζί του και τον Kaoru. Προκειμένου να τον σταματήσει έγκαιρα ο Kenshin εκπαιδεύεται μαζί με τον παλιό του δάσκαλο για να μάθει την τελική του τεχνική.