Ο Κένσιν έχει συνηθίσει στην νέα ζωή του με την Καόρου και τους άλλους φίλους τους, όταν δέχεται ένα αίτημα από την Κυβέρνηση Μέιτζι. Ο Σισίο Μακότο, ένας πρώην δολοφόνος, επέζησε αφού τον πρόδωσαν και τον έκαψαν ζωντανό. Τώρα βρίσκεται στο Κιότο και συνομωτεί με τους πολεμιστές που έχει συγκεντρώσει, να ρίξουν την νέα κυβέρνηση. Αντίθετα από την επιθυμία της Καόρου, ο Κένσιν, δέχεται να πάει στο Κιότο να πολεμήσει τον Σισίο και να ανατρέψει ένα νέο εμφύλιο πόλεμο…