Η ιστορία ξεκινά στο μακρινό μέλλον, στα πέρατα του γαλαξία. Η Ανθρώπινη Γαλαξιακή Συμμαχία μάχεται διαρκώς για την επιβίωσή της ενάντια στα Hideous, μια φυλή αλλόκοτων πλασμάτων. Κατά την διάρκεια μιας σκληρής μάχης, ο νεαρός υπολοχαγός Red και το Chamber, το ανθρωποειδές όπλο του πέφτουν σε μια δίνη στρεβλωμένου χωροχρόνου. Ξυπνώντας από την τεχνητή του νάρκη, ο Red συνειδητοποιεί ότι βρίσκεται στην Γη, τον πλανήτη στα χαμένα σύνορα. Σε αυτόν τον πλανήτη, κατακλυσμένο πλήρως από θάλασσα, οι άνθρωποι ζούνε σε έναν στόλο από γιγάντια πλοία, ανασύρoντας απομεινάρια από τα βάθη της θάλασσας για να επιβιώσουν. Ο Red βρίσκεται σε έναν στόλο που ονομάζεται Gargantia. Μην έχοντας γνώση της ιστορίας και του πολιτισμού του πλανήτη, αναγκάζεται να ζήσει μαζί με την Amy, ένα 15χρονο κορίτσι που υπηρετεί ως αγγελιαφόρος του στόλου.