Ένας καθηγητής λαογραφίας ανοίγει ένα απαγορευμένο πάπυρο και δαιμονοποιείται από τους αρχαίους Ιάπωνες δαίμονες της Thunder and Lightning, που επιδιώκουν να επιστρέψουν και να κυριαρχήσουν στον κόσμο μας. Τα κεντρικά της Παραφυσικής Έρευνας και Άμυνας στέλνουν τον Hellboy και την ομάδα των πρακτόρων για τη διερεύνηση, αλλά όταν ο Hellboy παίρνει ένα σπαθί σαμουράι, αυτός εξαφανίζεται κυριολεκτικά σε μια παράξενη χώρα των θαυμάτων με ιαπωνικούς μύθους, φαντάσματα και τέρατα. Εν τω μεταξύ,οι πράκτορες Kate Corrigan και Russell Thorne είναι στα ίχνοι του καθηγητή ,για να φέρει πίσω τον Hellboy.