Ο Εd και ο Al είναι αλχημιστές. Μετά από μια προσπάθεια να επαναφέρουν την χαμένη μητέρα τους παραβαίνοντας τους νόμους της αλχημείας ο Ed έχει χάσει μέρη του σώματος του ενώ ο Al ολόκληρο το σώμα του. Τα δύο αδέρφια ξεκινάνε ένα ταξίδι με σκοπό να βρούνε την φιλοσοφική λίθο και να επαναφέρουν τα χαμένα σώματα τους. Δεν θα είναι εύκολο όμως αφού εμπόδια και εχθροί μπαίνουν συνεχώς στον δρόμο τους..