Το 2025, δεκαπέντε χρόνια μετά τα γεγονότα του Zebraman, το Τόκιο μετονομάζεται σε πόλη της Zebra, καθιερώνοντας την “Ώρα Zebra” που αρχίζει στις 5:00 πμ / μμ και για 5 λεπτά στα οποία η κυβέρνηση επιτρέπει στην αστυνομία να επιτεθεί σε οποιοδήποτε θεωρείται εγκληματίας. Μια Ώρα Zebra είχε ως αποτέλεσμα την απόπειρα δολοφονίας του Shinichi Ichikawa, γνωστού ως Zebraman. Επιζώντας από την επίθεση, αλλά έχοντας χάσει τις αναμνήσεις του, πρέπει να συνεργαστεί με τον ψεύτικο Zebraman της τηλεόρασης και έναν νεαρό προστατευόμενό του για να σώσει ένα μυστηριώδες κορίτσι από την Βασίλισσα της Zebra και την Αστυνομία της. Τότε όλος ο κόσμος από το τελικό σχέδιο της Βασίλισσας θα χρησιμοποιεί τους εξωγήινους από το 2010 φέρνοντας την Ώρα Zebra σε ολόκληρο τον κόσμο.