Το έτος 2199, πέντε χρόνια μετά την έναρξη της επίθεσης των Gamilas στη Γη, ο πλανήτης έχει καταστραφεί από τις εξωγήινες βόμβες ακτινοβολίας και τα λιγοστά πλέον απομεινάρια του ανθρώπινου πληθυσμού έχουν συγκεντρωθεί υπογείως. Μία ημέρα ο πρώην πιλότος Susumu Kodai ανακαλύπτει μία κάψουλα που έχει σταλεί από τον πλανήτη Iskandar και αναφέρει την ύπαρξη μιας συσκευής η οποία μπορεί να εξαφανίσει την ακτινοβολία από την επιφάνεια της Γης